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El trabajo médico del personal de los departamentos clínicos de la universidad tiene como objetivo proporcionar un componente práctico del proceso educativo para la formación de médicos, mejorar la calidad de la atención médica, un mayor desarrollo y disponibilidad de todo tipo de atención médica, estimulando la cooperación efectiva entre salud, instituciones asistenciales y universitarias en actividades médicas, científicas y educativas, sin las cuales es imposible formar y reciclar especialistas altamente calificados en la atención de la salud.

Estas tareas son realizadas por 37 departamentos clínicos de la universidad, incluidos 17 departamentos terapéuticos, 14 quirúrgicos y 6 pediátricos.

Los departamentos clínicos están ubicados en las bases de 34 instituciones líderes en el cuidado de la salud, 9 instituciones dentales, 39 bases de pasantías externas para la formación de pasantes. Los empleados de los departamentos clínicos trabajan con éxito en 11 centros médicos especializados regionales e interregionales, equipados con modernos equipos de diagnóstico y tratamiento. Realizan una gran cantidad de trabajos de asesoramiento e intervenciones quirúrgicas modernas.

Desde principios de 2018, la Clínica Quirúrgica de UEMFZ y ZMAPE, dirigida por el Profesor Oleksandr Nikonenko, Académico de la NAMS de Ucrania, ha estado operando con éxito sobre la base del Hospital Clínico Regional de Zaporizhzhia.

La subdivisión estructural de UEMFZ, Centro Médico Educativo y Científico "Clínica Universitaria", es muy popular entre la población gracias a los más modernos equipos de diagnóstico y un alto nivel de atención consultiva y médica. La clínica consta de un hospital con 160 camas (Departamento de Cardiología - 60 camas, Departamento Terapéutico - 65, Departamento de Neurología - 35), un Policlínico, un Centro Médico Consultivo y Diagnóstico, 7 centros médicos especializados y un Departamento de Rehabilitación y Diagnóstico. La clínica brinda atención médica a la población, brinda capacitación y reciclaje a los empleados, realiza investigaciones científicas, desarrollo, pruebas e implementación de tecnologías médicas. Sobre la base de la clínica hay 9 departamentos de UEMFZ.

420 empleados trabajan en los departamentos clínicos de la universidad: 87 doctores en Ciencias Médicas (profesores), 258 candidatos de Ciencias Médicas (profesores asociados). De ellos, 386 son empleados a tiempo completo, 34 son trabajadores a tiempo parcial y a tiempo. El trabajo terapéutico es realizado por el 67,9% de los trabajadores clínicos con la categoría de calificación más alta, el 13,1% - con el primero, el 12,4% - con el segundo. El 6,6% de los empleados están certificados como especialistas.

Empleados de departamentos clínicos consultan y tratan a los pacientes más severos (cerca de 300 mil pacientes anualmente), realizan cirugías complejas (más de 20 mil anualmente), realizan cerca de 100 mil procedimientos diagnósticos, participan en consultas, ensayos clínicos, conferencias científicas y prácticas, asociaciones reuniones, comisiones médicas y de expertos clínicos y más.

Los empleados de 6 departamentos clínicos realizan viajes para brindar asesoramiento y atención médica a los distritos del oblast de Zaporizhzhia a través del Centro Regional de Atención de Emergencia y Medicina de Desastres.

Desde 2014, la Universidad Estatal Médico-farmacéutica de Zaporizhzhia  ha estado cooperando estrechamente con el Hospital Militar de Zaporizhzhia. Los curadores del Hospital Militar son el Departamento de Medicina de Desastres, Medicina Militar y Neurocirugía y el Departamento de Odontología Terapéutica, Ortopédica y Pediátrica. Los pacientes del hospital son consultados por los principales especialistas de la Clínica Universitaria de UEMFZ en todos los perfiles necesarios, se someten a examen y tratamiento en la clínica.

La universidad presta gran atención al trabajo informativo y explicativo sobre la atención de la salud, con énfasis en promover un estilo de vida saludable y prevenir la tuberculosis, el VIH, las enfermedades cardiovasculares e infecciosas. Destacados especialistas de la universidad realizan charlas, mesas redondas, entrevistas en los medios de comunicación y publican artículos en periódicos sobre estos temas. Durante el año, la universidad organiza conferencias científicas y prácticas, y dos veces al año, el Día del Donante.